Я являюсь собственником жилья, но прописана в другом месте. могу ли претендовать на субсидии за жильё, в котором ...

Да, но только в одном месте.. например, . если вы постоянно зарегистрированы не по месту собственности, а по месту пребывания..
приказ министерства регионального развития рф и министерства труда и социальной защиты рф от 23 августа 2013 г. № 359/382а "о внесении изменений в методические рекомендации по применению правил предоставления субсидий на оплату жилого помещения и коммунальных услуг, утвержденные приказом министерства регионального развития российской федерации и министерства здравоохранения и социального развития российской федерации от 26 мая 2006 г. № 58/403”