Вторичный больничный лист выдали как первичный, что делать?

В этом нет ничего страшного. Его могут и должны оплатить как первичный. Вы можете обратиться, и даже советую это сделать, в орган Фонда социального страхования РФ по месту регистрации вашего работодателя. Это наиболее компетентный орган в вопросах оплаты больничных (сам являюсь его сотрудником). Ознакомьтесь со следующими нормативно-правовыми актами Федеральный закон № 255-ФЗ "Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством" Приказ Минздравсоцразвития России № 624н "Об утверждении Порядка выдачи листков нетрудоспособности"