Как проверить что работодатель делает отчисления в пенсионный фонд с зарплаты, т.к. вычитают из из самой зарплаты?

Эти взносы не вычитаются из вашей зарплаты, это из фонда работодателя, к нему вы не имеете никакого отношения. Эти взносы не за ваш счет, но на ваш счет. Проверить легко. Каждые полгода пенсионный фонд лично вам обязан присылать "письмо счастья". Это отчет за истекший период о страховых взносах, уплаченных работодателями в истекшем году или за полгода. Если вы работали и подрабатывали в разных организациях - там всё это должно быть отражено. Если такого письма вы еще не получали, позвоните или приходите на прием в районное отделение пенсионного фонда и попросите их посмотреть. У них в компьютере всё есть. Если ваш работодатель не платит за вас эти взносы он подлежит уголовной ответственности.