Если мать лишена родительских прав, ребенка воспитывает отец, есть ли льгота моему ребенку при поступлении в вуз?

Нет.

во-первых с прошлого года отменили при поступлении в вузы льготы для детей, оставшихся без попечения родителей. раньше они поступали вне конкурса и достаточно было получить 3, теперь они просто имеют преимущество при прочих равных.

во-вторых, ребенок имеет отца - т. е. не является ребенком, оставшимся без попечения родителей.