Проживаем в небольшом городке, в частном доме...

Если вы полагаете на деньги от продажи жилого помещения с добавлением маткапитала купить однушку в спб, без добавления собственных и\или заемных средств, то очевидно, что львиная доля денег от продажи жилого помещения.
стоимость однушек в спб не менее 3,5 млн, если маткапитал примерно 500 тыс, это значит. что от продажи жилого помещения вы планируете получить 3 млн?
ваша жена понимает, что в связи с продажей, ей придется подать декларацию и заплатить ндфл 13%?
если у нее доля может и более трех лет в собственности (освобожд. от ндфл при продаже), то после выделения в натуре и регистр. права собств. на жилое помещение (чем она сейчас занимается, как это следует из вашего коммента), ей придется платить ндфл, ибо нов. объект у нее менее трех лет в собственности, и налог. вычет стандарт. 1 млн., следовател. с 2 млн придется платить 260 тыс ндфл.
правда при покупке ей можно заявить тоже налог. вычет (если ранее его не получала) и поскольку в одном налог. периоде, то будет взаимозачет, но не по всей сумме, ибо покупать будете в долевую собственность. ну по кр. мере надо купить жене в собственность долю, соотв. по стоимости 2 млн. чтобы она могла возврат заявить и взаимозачет был, и в ноль по ндфл ей выйти.
что касается улучшения, то см. правила распоряжения маткапиталом
http://base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc&base=law&n=185868&fld=134&dst=100001,0&rnd=0.9152639362325707
там написано. что такое улучшение:
"на приобретение или строительство жилого помещения, осуществляемые гражданами посредством совершения любых не противоречащих закону сделок и участия в обязательствах (включая участие в жилищных, жилищно-строительных и жилищных накопительных кооперативах), путем безналичного перечисления указанных средств организации, осуществляющей отчуждение (строительство) приобретаемого (строящегося) жилого помещения, либо физическому лицу, осуществляющему отчуждение приобретаемого жилого помещения, либо организации, в том числе кредитной, предоставившей по кредитному договору (договору займа) денежные средства на указанные цели;
..."
а по жилому помещению- требование, чтобы на терр. рф,
и ничего по площади ( например. чтобы не менее учетной нормы на члена семьи -нет).

поэтому сначала посчитайте, по карману ли вам однушка в спб, потом в пф по месту жительства- проконсультируйтесь.
и в спб надо в пф проконсультироваться. заявление в пф можно хоть где подавать, хоть по месту жительства, по месту пребывания или фактического проживания.
то есть в спб купите и спб и обратитесь в отделение пф с заявой о перечислении маткапитала по договору.
-----
вижу проблему по стоимости покупки- по карману ли вам, и по ндфл для жены (обдуманно купить разумную жене долю в собственность, заявить вычеты при продаже и при покупке), а не по пф.